Инструкция по установке лиана 5: инструкция по установке на балконе

Сушилка для белья Лиана: инструкция по установкау

Практически все жители городских квартир сушат белье в помещении. Чтобы облегчить это, необходимо установить сушилку. Правильно закрепленная конструкция должна быть удобной и не занимать много места. Сушилка для белья «Лиана» является отличным вариантом для небольших квартир. О видах и особенностях установки рассказано в статье.

Что это такое?

Сушилка для белья «Лиана» представлена в виде конструкции, в которую входят пластиковые или металлические цилиндры с антикоррозийным напылением длиной в пределах 50 см – 2 метра. Конструкции фиксируются шнурами с помощью специального блока, оснащенного роликами, с помощью чего высота элементов может регулироваться. Такие изделия удобнее, чем те, у которых есть стандартные веревки.

Потолочные сушилки для белья на балконе: обзор и виды

Сегодня для комфорта ведения домашнего хозяйства изобретено множество механизмов и устройств. Одним…

Виды и модели

Ассортимент изделий для сушки одежды огромный. Они бывают внешними, внутренними, раздвижными, настенными, потолочными. Если балкон имеет маленькую площадь, то лучше выбрать раскладной, настенный или потолочный вид. Раскладные варианты компактные, их устанавливают перед сушкой белья, а после эксплуатации их надо сложить и убрать. Недостатком данных приспособлений является то, что они в разложенном виде занимают много места.

Сушилка для белья «Лиана» бывает: потолочной и настенной. При выборе следует учитывать то, на какую поверхность будет создаваться вся нагрузка. При потолочных сушилках для белья «Лиана» нагрузка будет на покрытие пола. Натяжные и подвесные виды не способны выдержать большую нагрузку. В этом случае на потолок устанавливают металлическую опору в виде особых уголков. Но крепят данную опору перед финишной отделкой потолка.

Сушилка для белья потолочная для балкона: удобно и практично

Сушилка для белья потолочная для балкона — это хорошая возможность обустроить пространство…

Если облицовочный материал не может выдерживать сильные нагрузки, а металлических уголков для фиксации нет, желательно выбирать настенную сушилку для белья «Лиана». Этот вариант отличается только методом крепления. Консоли, на которых будет фиксироваться вся система, крепятся к стене.

Особенности и преимущества

Сушилки для белья «Лиана» компактные и функциональные, благодаря чему их можно устанавливать в ванных, на лоджиях и балконах почти у потолка. Особенностью работы системы считается изменение положения планок, на которых будет размещаться одежда.

К преимуществам конструкции относят:

1. После сушки на белье не будет никаких следов, как при тонких веревках и лесках.
2. Простой уход. Конструкция очень просто очищается от пыли и загрязнений. Нужно лишь протирать ее влажной тряпкой.
3. Компактность. Сушилка для белья «Лиана» устанавливается высоко, поэтому она почти незаметна.
4. Устойчивость к сильным нагрузкам. Выдержка 1 трубки составляет до 2,5 кг.
5. Простая эксплуатация. Функционирует конструкция на подобии лифта. С опусканием планки до необходимого уровня получится легко и быстро развесить чистую одежду, не вставая на стул. После этого планка поднимается на необходимую высоту.
6. Поочередность поднятия трубок, что минимизирует нагрузку на руки.
7. Возможность установки планки на разной высоте.

Недостатки

Важно учитывать, что у сушилки для белья «Лиана люкс» есть и минусы. Недостатки связаны с приобретением товаров плохого качества:

Потолочные сушки для белья: установка и установка

Потолочные сушки для белья имеют массу достоинств. Их можно установить как самостоятельно, так и с…

1. Веревки могут выскакивать из роликов, поэтому надо перевязать эти элементы вручную.
2. Элементы из пластика быстро ломаются.
3. При неправильно установке изделие быстро выходит из строя.

Размеры

Конструкции продаются разных размеров, все зависит от производителя. Ширина может быть в пределах 1,4 – 2 метров. По длине трубки и сами изделия бывают различными, но минимум равен 1,3 м. К стандартным размерам относят:

• 140 см;
• 150;
• 160;
• 170;
• 180;
• 190;
• 200.

Но есть малогабаритные сушилки в 50 см, а максимальный размер составляет 3 метра.

Материалы

В изготовлении деталей сушилки применяются разнообразные материалы. Они влияют на качество и надежность системы. Цилиндры, на которых есть белье, могут быть созданы из металла или пластмассы. На металлических трубках есть защитный антикоррозионный слой.

Самым надежным материалом считается нержавеющая сталь. Изделия могут выдерживать большие нагрузки в сравнении с алюминиевыми и пластиковыми конструкциями. Важным считается качество материала, из которого созданы веревки. Если они тонкие, то не смогут обеспечить высокую надежность.

Выбор

Хоть «Лиана» является качественной конструкций, все же не все изделия имеют высокое качество. При выборе нужно ознакомиться с характеристиками товара. Между трубками должно быть большое расстояние, иначе вещи будут спутываться.

По длине трубки могут быть около 2 метров. Необходимо учитывать, что чем длиннее они и сама конструкция, тем выше риск деформации от нагрузок. Во время выбора нужно продумать место установки. От площади помещения определяются и параметры «Лианы», поэтому желательно заранее выполнить замер комнаты.

Важно помнить и про материал трубок, и крепежных деталей. Элементы из пластика менее качественные, а алюминиевые будут лучшим выбором по весу и надежности. Стальные конструкции представляют сильную нагрузку на стены или потолок.

Сушилки «Лиана» в комплекте могут включать разное число трубок. От типа цилиндра определяется максимальный вес вещей, который может быть выдержан. Качество изделия зависит от производителя. Китайские товары не совсем прочные и надежные. Лучше выбирать отечественные или европейские сушилки.

Что нужно для сборки

Монтаж выполняется несложно. Для этого нужно ознакомиться со схемой и инструкцией, приложенные к товару. Чтобы выполнить сборку сушилки для белья «Лиана», необходимо подготовить:

1. Перфоратор. Альтернативой является электрическая дрель. Этот инструмент требуется для высверливания дырочек в стенах и потолке. Просверливание нужно выполнять не только через слой финишной отделки, но и до основания.
2. Измерительная рулетка, а также чернографитный карандаш. С помощью рулетки выполняются замеры. Карандашом на поверхность стен или потолка наносят метки для фиксации изделия.
3. Крепежные элементы. Обычно они есть в комплекте с сушилкой.
4. Аккумуляторный шуруповерт или стандартная отвертка.
5. Нож.
6. Дюбели и саморезы.

Монтаж

Есть несложная инструкция. Сушилку для белья «Лиана» по ней получится установить быстро и качественно. Часть стены или потолка, к которой будет фиксироваться конструкция, надо очистить от пыли и грязи. Перед выполнением основных работ надо внимательно перечитать инструкцию. У некоторых моделях отмечается особенности монтажа. К тому же, если не учитывать важные рекомендации и система будет установлена с нарушениями, это может привести к быстрой поломке сушилки.

Металлические держатели надо приложить к стене или потолку и создать карандашом отметки через отверстия в деталях. На этом этапе следует не ошибиться с замерами: между держателями должно быть расстояние, равное размеру трубок. В созданных точках следует просверлить отверстия под дюбели. Саморезами выполняется фиксация потолочных или настенных консолей и управляющей скобы.

Потом требуется выполнить распределение и пропуск веревки через ролик, который находится на правом держателе. Длинный шнур дополнительно протягивается через ролик левого держателя. Концы веревок надо пропустить через крепежные колпачки на управляющей скобе. По данной технологии устанавливается настенная и потолочная сушилка для белья «Лиана люкс».

Вероятные ошибки

От качества установки зависят ее эксплуатационные свойства и срок службы. Даже небольшая неточности при монтаже может стать причиной поломки. К распространенным ошибкам относят следующие:

1. Неправильный расчет. Вариант неподходящего размера будет сложно разместить.
2. Неподходящий участок установки. Конструкции мешают окна, двери.
3. Несоответствующие размеры саморезов.
4. Использование гвоздей. Данный метод приводит к разбалтыванию системы.
5. Применение инструмента со сверлами несоответствующей толщины.

Где разместить

Сушилка белья «Лиана» для балкона и лоджии будет отличным вариантом. Важно, чтобы помещение было застекленное. Если нет стеклопакета, одежда во время сушки пачкается от пыли и атмосферных осадков. В зимнее время мокрая одежда будет очень быстро замерзать.

Конструкцию можно разместить и дома. Хоть «Лиана» компактная, установку предпочтительнее выполнять в месте, скрытом от посторонних глаз. Часто данные изделия фиксируются в ванную комнату. Редко конструкцию монтируют в гардеробной, спальной и в зале.

Потолочные системы нельзя крепить на натяжных потолках. Исключением считается наличие особых крепежных деталей в виде металлических уголков на черновой отделке. Сушилку не стоит устанавливать там, где она может мешать открытию шкафов, окон, дверей. При сушке с белья стекает немного воды, поэтому на пол нужно постелить пленку.

Уход

Для данной сушилки не требуется особый уход. Изделие надо регулярно протирать с помощью влажной тряпки для удаления пыли. Исключением являются пластмассовые трубки. Для продления срок их службы надо обрабатывать сухой тряпкой после сушки одежды для защиты от скапливания влаги.

С поломкой многие детали можно заменить. В магазинах есть отдельные элементы данных конструкций. Часто выходят из строя шнуры или цилиндры. Заменить их будет очень просто, причем не требуется демонтаж конструкции. С правильной эксплуатацией и качественным креплением сушилка может использоваться до 10 лет.

Таким образом, установка конструкции несложная. Если сделать все правильно, то сушилка способна прослужить много лет. А куда ее установить и что на ней размещать, должны решать хозяева.

симптомы и лечение, признаки и диагностика заболевания

Сальмонеллез – поражение пищеварительной системы человека бактериальной инфекцией рода Salmonella. Инфицированные пациенты сталкиваются с обширной интоксикацией, обильной дегидратацией или тяжело протекающей септицемией. Патоген-возбудитель часто обнаруживается в курином яйце, молочнокислых продуктах и готовых к употреблению мясных изделиях.

Причины развития патологии

Бактерия Salmonella – возбудитель сальмонеллеза – устойчива к агрессивным условиям окружающей среды. Микроорганизмы сохраняют жизнеспособность в воде на протяжении нескольких месяцев, а в почве могут находиться до 1,5 лет. Термическая обработка продуктов питания – наиболее надежный способ борьбы с патогенами. Бактерии погибают при температуре 70°С в течение 10 минут.

Пути передачи сальмонеллеза типичны – задействуется фекально-оральный механизм. В условиях городской среды к нему добавляется воздушно-пылевой способ заражения. Носителями патогенов остается домашний скот, птица, дикие животные. Бактерии проникают в кровеносную систему жертвы и активно размножаются в органах и тканях. Инфицирование человека происходит при уходе за больными особями или при употреблении инфицированных продуктов.

Человек восприимчив к сальмонеллезу – симптомы и тяжесть поражения пищеварительной системы зависят от количества попавших в организм патогенов и состояния иммунной системы ребенка или взрослого. Наиболее тяжело бактериальную инфекцию переносят младенцы и пожилые люди. Иммунитет к сальмонеллезу остается неустойчивым и сохраняется не более 12 месяцев.

Симптоматика

Симптомы сальмонеллеза у взрослых и детей идентичны. Инкубационный период продолжается от нескольких часов до 2 суток. Самой распространенной формой инфекции остается гастроэнтеритический тип. Для него характерны нарушение водно-солевого обмена и обширная интоксикация. Резко поднимается температура тела, появляется выраженный болевой синдром, тяжесть в голове, слабость.

Расстройство стула при сальмонеллезе – один из основных симптомов. Каловые массы становятся водянистыми, пенистыми и чрезвычайно зловонными. Дефекация сопровождается позывами к рвоте.

Кожные покровы пациента отличаются бледностью. Слизистая оболочка ротовой полости и язык иссушены и покрыты белым налетом. У детей наблюдается вздутие живота. Пальпация вызывает умеренную боль. Частота сокращения сердца выше возрастной нормы.

Диагностика

Диагностические мероприятия предполагают забор и микроскопию рвотных и каловых масс после бакпосева. Лабораторные исследования позволяют обнаружить присутствие бактерии-возбудителя в биологических материалах пациента. При подозрении на генерализованную форму сальмонеллеза выполняется анализ крови.

Лабораторные исследования позволяют врачам установить степень дегидратации организма пациента, вязкость крови, баланс электролитов. Эти данные необходимы для формирования эффективной стратегии лечения сальмонеллеза. При осложненном течении инфекции может потребоваться консультация кардиолога, нефролога, уролога и врачей иных специализаций.

Терапевтические меры

Пациенты, страдающие от тяжелой формы сальмонеллеза или осложнений, подлежат госпитализации. Взрослые и дети, переживающие течение инфекции в легкой форме, проходят лечение на дому.

Базовой процедурой становится промывание желудка и кишечника инфицированного человека, т. н. «сифонными клизмами». Следующий этап лечения сальмонеллеза – восстановление баланса электролитов в организме пациента и коррекция водно-солевого баланса. Дегидратация ликвидируется посредством частого (но не обильного) приема солевого раствора внутрь. При тяжелом обезвоживании проводится внутривенная инфузионная терапия, в состав которой входят полиионные растворы.

Антибактериальная терапия показана пациентам с генерализованной формой сальмонеллеза. Врачи назначают препараты группы фторхинолонов. Гастроинтестинальные формы инфекции требуют применения антибиотиков при невосприимчивости возбудителя к иным препаратам. При стандартной схеме лечения пациентам назначаются ферменты (панкреатин, сухая желчь). В период острых приступов сальмонеллеза клиническими рекомендациями предусмотрена диета №4. После устранения кишечных проявлений инфекции пациент может перейти на диету №13.

Профилактические меры

Профилактика сальмонеллеза основана на соблюдении санитарно-гигиенических норм.

При приготовлении домашних блюд требуется следить за температурным режимом. Продукты с истекающим сроком годности следует своевременно утилизировать. Взрослым следует провести профилактические беседы с детьми дошкольного и младшего школьного возраста.

Специфические меры по профилактике сальмонеллеза – в форме вакцинации – не применяются в силу низкой эффективности. Возбудитель отличается неоднородностью, а приобретенный иммунитет обладает низкой устойчивостью.

Вопросы и ответы

Как не заразиться от инфицированного родственника, с которым проживаешь в одной квартире?

Основной мерой предосторожности станет последовательное соблюдение правил личной гигиены. Каждый член семьи в период амбулаторного лечения родственника должен пользоваться индивидуальным набором посуды.

Можно ли узнать о присутствии бактерии-возбудителя сальмонеллеза в продуктах питания?

Подтвердить присутствие патогенной микрофлоры в продуктах питания могут только сотрудники лабораторий после проведения соответствующих исследований. Клиентам популярных розничных сетей следует выбирать товары с действительным сроком годности и индивидуальной фасовкой в герметичную тару или пакеты.

Не нашли ответа на свой вопрос?

Наши специалисты готовы проконсультировать вас по телефону:

+7 (495) 775-73-60

лиана · PyPI

LIANA — это платформа логического вывода лиганд-рецептор, которая позволяет использовать любой метод LR с любым ресурсом. Это более быстрая и экономичная реализация Python, версия R также доступна здесь.

Учебники и документация

• Базовый учебник LIANA по диссоциированным одноклеточным данным

• LIANA с cell2cell-Tensor для получения программ межклеточной коммуникации по образцам и условиям

• ЛИАНА с МИД. Использование MOFA для определения программ межклеточной связи по образцам и условиям, как первоначально было предложено в Cell2cell-Tensor

  .

• Многоклеточные программы с MOFA. Использование MOFA для получения координат программы экспрессии генов в образцах и условиях, как это сделано в Ramirez et al., 2023

Для получения дополнительной информации см. документацию API LIANA.

Мы также отсылаем пользователей к главе «Связь между клетками» в книге передового опыта лаборатории Theis, так как в ней представлен обзор общих ограничений и допущений при выводе CCC из (диссоциированных одноклеточных) транскриптомных данных.

Установить LIANA

Установить стабильную версию liana:

 pip install liana
 

Установите самую последнюю версию лианы:

 pip install git+https://github.com/saezlab/liana-py
 

Методы

Методы, реализованные в этом репозитории:

• CellPhoneDBv2
• НАТМИ
• Коннектом
• СинглСеллСигналр
• Сотовый чат (+)
• 1-против-остатка выражение LogFC оценка
• Среднее геометрическое — среднее геометрическое лиганд-рецептор с полученными значениями p через подход перестановки, реализованный CellPhoneDBv2
• rank_aggregate прогнозов, рассчитанных с помощью Метод RobustRankAggregate

(+) Независимая от ресурсов адаптация функций вывода CellChat LR.

Ресурсы лиганд-рецепторов

Через этот конвейер доступны следующие ресурсы CCC:

• Консенсус ($)
• Сотовый звонок
• СеллчатБД
• Мобильный телефонБД
• Рамиловский2015
• Баччин2019
• LRdb
• Кироаук2010
• АЙСЕЛНЕТ
• РАЗГОВОР
• ОБЪЯВЛЕНИЕ
• ХПМР
• Гид2Фарма
• КоннектомДБ2020
• СеллТалкДБ
• Консенсус мыши (#)

($) Ресурс LIANA по умолчанию Консенсус был сгенерирован из нескольких ресурсов, курируемых экспертами, отфильтровано до дополнительных этапов контроля качества, включая литературную поддержку, комплексное воссоединение/консенсус, и локализация.

(#) Консенсусный ресурс, преобразованный в мышиные гомологи.

Cite LIANA:

Димитров Д., Турей Д., Гарридо-Родригес М., Бурмеди П.Л., Нагаи Дж.С., Бойс К., Флорес Р.О.Р., Ким Х., Салаи Б., Коста , И.Г., Вальдеоливас, А.

Тюрей Д., Вальдеоливас А., Гуль Л., Паласио-Эскат Н., Кляйн М., Иванова О., Олбей М., Габор А., Тейс Ф., Модош , Д. и Корчмарос, Т., 2021. Интегрированные знания о внутри- и межклеточной передаче сигналов для анализа многоклеточных омиков. Молекулярная системная биология, 17(3), p.e9923. https://doi.org/10.15252/msb.20209923

Аналогичным образом, пожалуйста, рассмотрите возможность ссылки на любые методы и/или ресурсы, реализованные в liana, которые особенно важны для вашего исследования!

LIANA++ для тестировщиков и разработчиков • лиана

Для облегчения дальнейшей разработки методов и контрольных показателей текущие и будущие методы, в этой виньетке мы обеспечиваем дальнейшее инструкции, относящиеся к разработчикам методов.

Загрузить предпосылки

 библиотека (tidyverse)
библиотека (магритр)
библиотека (лиана)
liana_path <- system.file(package = "liana")
тестовые данные <-
    readRDS (file.path (liana_path, «testdata», «input», «testdata.rds»)) 

Для облегчения разработки методов мы предоставляем руководство по использованию архитектуры, уже реализованной в LIANA.

Во-первых, мы начинаем с преобразования объекта в SCE (если Seurat) и основные проверяет через liana_rep . Затем мы создаем таблицу LR_res с множество соответствующих столбцов, таких как статистика лигандов и рецепторов на клетку тип. Обратите внимание, что liana_pipe также учитывает комплексы расчленение их на субъединицы (см. ? liana:::decomplexify ). Позже они снова собираются в комплексы с помощью функции recomplexify .

 sce <- liana_prep (тестовые данные)
# Получить сводку LR с помощью CellPhoneDB и диссоциировать комплексы
lr_res <- liana_pipe(sce,
                     op_resource = select_resource("CellPhoneDB")[[1]] %>%
                       лиана:::decomplexify(),
                     base = exp(1) # здесь предполагается логарифмическое преобразование
                     # отсчетов, нормализованных библиотекой
                     ) %>%
    мельком() 

 ## Строки: 1818
## Столбцы: 25
## $ ligand  "DLL1", "CCL5", "CCL4", "TNFSF14", "CD40LG", "LTA", "…
## $ рецептор  "НОЧ2", "CCR5", "CCR5", "LTBR", "CD40", "TNFRSF1A",…
## $ ligand. pval  1.0000000000, 0.0000114871, 0.0279585592, 1.000000000…
## $ ligand.FDR  1.0000000000, 0.0003948689, 0.2078001025, 1.000000000…
## $ ligand.stat  0,5000000, 0,1888889, 0,3922222, 0,4994444, 0,4994444…
## $ рецептор.pval  1.0000000000, 0.5440267057, 0.5440267057, 0.333710695…
## $ рецептор.FDR  1.000000000, 0.960392173, 0.960392173, 0.679306779, 0…
## $ receptor.stat  0,4994444, 0,4822222, 0,4822222, 0,4833333, 0,7272222…
## $ source  "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B" …
## $ target  "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B" …
## $ ligand.expr  0,00000000, 0,49167104, 0,08073624, 0,03217220, 0,039…
## $ рецептор.выражение  0,04998350, 0,04227786, 0,04227786, 0,00000000, 0,685…
## $ ligand.scaled  -0,149312933, -0,945434584, -0,548615303, 0,017698966…
## $ рецептор.prop  0,03333333, 0,03333333, 0,03333333, 0,00000000, 0,500…
## $ ligand.prop  0,00000000, 0,30000000, 0,06666667, 0,03333333, 0,033…
## $ recep. scaled  -0,08950937, -0,02089337, -0,02089337, -0,14931046, 0…
## $ ligand.sum  0,08632215, 6,59848126, 2,18621009, 0,08603449, 0,214…
## $ рецептор.сумма  0,23999457, 0,14310802, 0,14310802, 0,09812520, 0,780…
## $ рецептор.pem  0,00000000, 0,00000000, 0,00000000, 0,00000000, 0,490…
## $ ligand.pem  0.000000000, 0.000000000, 0.000000000, 0.006821435, 0…
## $ ligand.log2FC  -0,12768047, -4,01952187, -2,98806898, -0,02103795, -…
## $ рецептор.log2FC  -0,071214715, -0,042705600, -0,042705600, -0,174…
## $ global_mean  0,1990563, 0,1990563, 0,1990563, 0,1990563, 0,1990563…
## $ ligand.complex  "DLL1", "CCL5", "CCL4", "TNFSF14", "CD40LG", "LTA", "…
## $ рецептор.комплекс  "НОЧ2", "CCR5", "CCR5", "LTBR", "CD40", "TNFRSF1A",… 

``

Сводка результатов LR затем передается в get_* функции затем предоставляют способы суммировать эту информацию в счет ( LRscore в данном случае), которые можно использовать для расстановки приоритетов взаимодействия.

Нам также нужно передать функцию, которую мы хотим использовать для учета гетеромерные комплексы

 get_sca(lr_res, complex_policy="mean",
        expr_prop=liana_defaults()[["expr_prop"]],
        return_all=FALSE) %>% проблеск 

 ## Рядов: 172
## Столбцы: 12
## $ source  "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B" …
## $ target  "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "B" …
## $ ligand.complex  "ALOX5", "MIF", "ANXA1", "CD72", "GRN", "SELL", "TNFS…
## $ ligand  "ALOX5", "MIF", "ANXA1", "CD72", "GRN", "ПРОДАТЬ", "TNFS…
## $ рецептор.комплекс  "ALOX5AP", "CD74", "FPR1", "SEMA4D", "TNFRSF1B", "SEL…
## $ рецептор  "ALOX5AP", "CD74", "FPR1", "SEMA4D", "TNFRSF1B", "SEL…
## $ рецептор.prop  0,3666667, 1,0000000, 0,1000000, 0,1666667, 0,1666667…
## $ ligand.prop  0,3000000, 0,6000000, 0,2666667, 0,2333333, 0,2666667…
## $ ligand.expr  0,3937931, 0,9104887, 0,3938854, 0,3774934, 0,3739728…
## $ рецептор. выражение  0,5182538, 4,5311493, 0,1062514, 0,2230945, 0,2157197…
## $ global_mean  0,1990563, 0,1990563, 0,1990563, 0,1990563, 0,1990563…
## $ LRscore  0.6941424, 0.9107452, 0.5068361, 0.5931461, 0.5879491… 

get_* функции относятся к liana_call и liana_score работает за кулисами, поэтому см. те для получения дополнительной информации.

Установить ЛИАНА++

Установите среду LIANA++ со всем оригинальным программным обеспечением, чтобы свести к минимуму систематическую ошибку для эталонных исследований.

LIANA++ использует методы CCC как из R, так и из Python, поскольку такие зависимости для обоих должны быть установлены.

Чтобы установить инфраструктуру LIANA++, выполните следующий код в R:

 if (!requireNamespace("BiocManager", тихо = TRUE))
    install.packages("БиокМенеджер")
если (!requireNamespace("devtools", тихо = TRUE))
    install.packages("инструменты для разработчиков")
библиотека (инструменты разработки)
Sys. setenv(R_REMOTES_NO_ERRORS_FROM_WARNINGS = TRUE) # игнорировать предупреждение от iTALK
BiocManager::install("ComplexHeatmap") # требуется для Connectome
devtools::install_github('saezlab/OmnipathR@ff3ad88e3915747e1b557bf44ac5396f9525dd7e') # установить OmnipathR версии 4.0
# установить инструменты
devtools::install_github("sqjin/CellChat")
devtools::install_github('msraredon/Connectome', ref = 'мастер')
devtools::install_github("Coolgenome/iTALK", build_vignettes = FALSE)
# Модифицированная версия SingleCellSignalR (SCA), позволяющая использовать внешние ресурсы.
devtools::install_github(repo = "saezlab/SingleCellSignalR_v1",
                         подкаталог = "SingleCellSignalR")
# Наконец, устанавливаем ЛИАНУ
devtools::install_github('saezlab/лиана') 

Squidpy и NATMI написаны на Python, как такая среда Python с предпосылками этих методов необходимо настроить.

Если вы также хотите запустить повторную реализацию CellPhoneDB из Squidpy, пожалуйста, настройте конду среду, запустив в терминале следующие строки:

 conda create -n liana_env
conda активировать liana_env
установить конда -с анаконда питон = 3. 8.5
pip install squidpy 

Пожалуйста, используйте .yml файл для настройки среды conda:

 conda env create -f liana_env.yml 

Примечание! NATMI и Squidpy по умолчанию настроены на поиск этой конды. окружение («liana_env»).

Чтобы использовать NATMI с LIANA, клонируйте модифицированный репозиторий NATMI в лиану путь, запустив в терминале следующее:

 cd *вставить полный путь*/лиана
git clone https://github.com/saezlab/NATMI 

Обратите внимание, что NATMI был разветвлен из asrhou/NATMI и изменен быть независимым от рабочего каталога при загрузке ресурсов.

При необходимости используйте следующее, чтобы найти пакет лианы

 системный файл (пакет = "лиана")
# "/home/user/R/x86_64.../4.0/liana" 

Возможно, было бы проще просто клонировать репозиторий лианы.

 # ЗАПУСК сотового чата в одиночку с OmniPath Consensus
sca_res <- call_sca(
  тестданные,
  op_resource = select_resource('Консенсус')[[1]]
  )
# Показать результаты CellChat
sca_res 

 liana_calls <- liana_wrap(testdata,
 метод = c('call_connectome',
 'call_sca',
 'вызов_италк',
 'вызов_натми'
 ),
 resource = c("Default")) # Запуск с ресурсами по умолчанию
liana_calls %>% liana_aggregate() # Connectome не находит здесь существенных обращений
# Обратите внимание, что для italk мы используем среднее(лиганд.